Biomodel-3 se ha diseñado como una herramienta de apoyo al estudio de la estructura de las biomoléculas. Proporciona un conjunto de modelos moleculares virtuales que pueden ser examinados en 3 dimensiones gracias a efectos de iluminación y de giro en el espacio. Además de facilitar la percepción tridimensional e ilustrar la estereoquímica, los modelos ofrecen la posibilidad de ser manipulados mediante un guión predefinido o a voluntad por parte del usuario; esta manipulación incluye no sólo su movimiento, sino otras operaciones imposibles con los modelos físicos, como cambiar el patrón de coloreado de los átomos, aumentar o reducir su tamaño, ocultar parte de la molécula o emplear representaciones esquemáticas para macromoléculas, en las que se suprime el detalle de cada átomo y enlace en favor de la trayectoria del esqueleto, y se ilustra así la estructura secundaria y el plegamiento de la proteína o el ácido nucleico.