El realizar un árbol de contenidos simple y fácil de seguir es una etapa muy útil en el desarrollo de contenidos, ya que con esta representación gráfica de la estructura de navegación se está diseñando y dando forma al camino visual que el usuario tendrá que seguir desde el nodo padre u origen a través del resto de nodos hijos. Todos serán páginas web. Al creador de contenidos le sirve para, en base al tamaño y complejidad del proyecto de aprendizaje acometido, dividir y elegir el número óptimo de temas, secciones y unidades.
Según la experiencia de los diseñadores de contenidos web hay que tener en cuenta que se debe:
- Obtener una buena navegabilidad: eXeLearning tiene tres niveles de profundidad por algo.
- Distribuir de forma óptima los contenidos: el autor no debe confundir al usuario y utilizar títulos de nodos descriptivos de su contenido. Un usuario debe tener idea de lo que va a encontrar al hacer click con el ratón sobre ese nodo.
- Estructurar de modo homogéneo la información: se debe procurar utilizar para cada tema el mismo número de secciones, ya que, aunque no sea obligatorio, se facilitará el aprendizaje por parte del usuario final.
- Para alcanzar estos puntos, eXeLearning muestra siempre una estructura inicial al crear un nuevo proyecto. El autor de los contenidos la deberá modificar mediante las siguientes operaciones:

- Añadir página. Al crear un nuevo proyecto el primer nodo "Inicio" se incluye como nodo padre y a partir de este se debe dar forma al árbol de contenidos. Para crear nuevas páginas se selecciona el nodo Inicio y se pulsará sobre el botón Añadir página tantas veces como páginas deba tener el proyecto. Para crear una subpágina, o nodo dependiente, se debe seleccionar el nodo padre y, a continuación, pulsar sobre el mismo botón Añadir página. Con ello se creará una nueva página jerárquicamente inferior al nodo padre. Este procedimiento se repetirá tantas veces como se necesite hasta obtener el esqueleto del proyecto.
Mediante las flechas de desplazamiento en la parte inferior de la ventana "Estructura" se puede modificar el orden de los nodos o páginas, aunque ya se hayan añadido contenidos en ellas.
- Borrar página. Se borrará el nodo seleccionado. eXeLearning siempre pedirá una confirmación de borrado para evitar una eliminación accidental de un nodo.
Renombrar página. Permite cambiar el título del nodo seleccionado.
- El árbol de contenidos es flexible, permitiendo la extracción de nodos de la estructura así como la inserción de nuevos nodos a otros o desde otros archivos de eXeLearning respectivamente.
Las entradas de menú "Archivo > Fusionar ELPs > Insertar paquete / Extraer paquete" permiten llevar a cabo la acción de forma rápida y sencilla. Con esta opción, visible con "Usuario avanzado" seleccionado, a cualquier creador de contenidos didácticos se le facilita la tarea de integrar recursos en un solo archivo o, quizás, tras avanzar en un determinado trabajo y pensar un poco en el tipo de contenidos, separarlos convenientemente en diferentes archivos.
Por último, se debe tener en cuenta que al exportar nuestros contenidos para visualizarlos en un LMS como Moodle, el primer nodo o nodo de inicio será la primera página web que se muestra, siendo los nodos hijos los que conformarán el resto de la estructura web de carácter jerárquico.