Da Vinci también se interesó por la geología y fue algo que se plasmó en sus cuadros en los que vemos rocas con gran detalle (como en su Virgen de las Rocas) y hasta estratos sedimentarios en capas horizontales.
Leonardo opinó sobre el origen orgánico de los fósiles y sobre la erosión.
Muchos de sus análisis sobre paleontología se recogen en el Códice Leicester.